Teile der Wetterau waren seit alters her von Überflutungen bedroht und benötigten ein funktionierendes Gewässersystem. Schon im Jahre 1380 bestand im Gebiet des Hauptvorfluters, der Nidda, ein „Kaiserliches Wassergericht“. Es zählte zu seinen Aufgaben, die Gewässer in wassertechnisch einwandfreiem Zustand zu halten. Allerdings wirkte es sich belastend auf die Tätigkeit dieses Wassergerichtes aus, dass sich z. B. am relativ kurzen Unterlauf vier landeshoheitliche Territorien gegenüber standen, die sich gemarkungsweise abwechselten. 

Erst ab 1800 ergab sich eine einheitliche Rechtslage und besonders im großherzoglich-hessischen Niddaabschnitt wurden zwischen 1815 und 1866 eine Reihe von intensiven wasserbautechnischen Maßnahmen durchgeführt. 

Im Jahr 1866 vollzog Preußen die gebietspolitische Sanierung im Unterabschnitt des Niddagebietes und okkupierte u. a. die Freie Reichsstadt Frankfurt/M. Wenige Jahre später wurde das bestehende wasserrechtliche Gerüst überarbeitet und 1913 folgte als vorläufiger Höhepunkt der Erlass des Preußischen Wassergesetzes.

Alle Gewässer im Herrschaftsbereich des früheren Römischen Reiches sind als reguliert anzusehen. Wasserbautechnische Maßnahmen sind auch gegen Ende des Mittelalters durchgeführt worden. Bereits in der Wassergerichtsordnung aus dem Jahr 1581 wurden Kontrollgänge an den Gewässern innerhalb der Wetterau festgelegt, um Uferschäden festzustellen. Der erste schriftliche Hinweis auf eine größere Regulierungsmaßnahme stammt aus dem Jahr 1597. 

Die Veranlassungen vergangener Epochen sind im Vergleich mit den Regulierungs- und Unterhaltungsarbeiten, die seit Anfang des 19. Jahrhunderts an der Nidda getätigt wurden, als bescheiden anzusehen. Schon um das Jahr 1800 soll Napoleon den Anstoß gegeben haben, das Niddadelta zu verlegen. 

Der erste einheitliche Vollausbau erfolgte gegen Ende des 19. Jahrhunderts im unteren Bereich von der Mündung in den Main bis zur Gemarkungsgrenze Sossenheim/Rödelheim. Im Anschluss an diese Strecke sollte ein weiterer Abschnitt ab 1914 reguliert werden, der Beginn des 1. Weltkrieges machte jedoch alle Pläne zunichte. Erst Mitte des Jahres 1926 konnte im Stadtgebiet von Frankfurt/M. mit den Baumaßnahmen begonnen werden.

Gleichzeitig wurde mit der Durchführung von Regulierungsarbeiten oberhalb des Wehres Eschersheim – also im heutigen Verbandsgebiet – begonnen. Es wurde ein Ausbauziel von rd. 70 m³/sec. angestrebt, eine Bemessungsgröße, die der bordvollen Abführung des Sommerhochwassers entsprach. Die Ausbaumaßnahmen sind im Zeitraum bis etwa 1937 durchgeführt worden und erstreckten sich flussaufwärts bis unterhalb der Gemarkung von Nidda. 

Infolge ständig wiederkehrender Hochwässer und der vernachlässigten Unterhaltung während des 2. Weltkrieges verminderte sich das Abführungsvermögen bis Mitte der 50er Jahre in einem Maße, dass großflächige Überschwemmungen an der Tagesordnung waren und mancher landwirtschaftliche Betrieb in seiner Existenz bedroht wurde.

Der Wochenanzeiger berichtete im Dezember 1967 von der schwersten Hochwasserkatastrophe seit 20 Jahren. Mensch und Tier wurden im Niddatal an Weihnachten 1967 vom Wasser überrascht. Bereits einen Tag vor Weihnachten kündigte sich die Katastrophe an: Alle vom Vogelsberg kommenden Bäche führten sehr viel Wasser und dazu regnete es unaufhörlich. Hinzu kam die plötzlich auftretende Schneeschmelze im Gebiet des Hohen Vogelsberges. Viele Einwohner des Kreises Büdingen wurden so an den Weihnachtsfeiertagen in große Not gebracht. Der Christbaum als Symbol der Festfreuden ist an diesen „Katastrophenweihnachten“ vielen Einwohnern einfach davon geschwommen.

Das reißende Wasser staute sich an den Brücken in der Ortslage Schotten, unterspülte diese und ließ sie umkippen. In den Ortsstraßen hob die Flut an mehreren Stellen große Flächen der Asphaltdecke hoch und spülte sie fort. Die Einwohner hatten Mühe, an mehreren Stellen das Vieh in Sicherheit zu bringen. Eine bis zu 30 cm hohe Flutwelle schoss durch die Stadt Schotten, nahezu alle Straßen waren überflutet. Überall standen die Hausbesitzer ratlos vor oder in ihren Häuer, während sich das Wasser in die Keller ergoss. Die Bevölkerung von Eichelsdorf wurde zunächst von der Flutwelle des Eichelbaches überrascht und anschließend folgte die Überschwemmung durch Wassermassen der Nidda. Schweine, Kühe, Ochsen und sonstige Haustiere konnten gerade noch rechtzeitig in Sicherheit gebracht werden. In Eschenrod war die Eichel zu einem reißenden Fluss angeschwollen und überflutete die Straßen des Unterdorfes. Aus dem Niddaer Stadtgebiet berichtet ein Zeitzeuge, dass er durch bauchhohes Wasser zur Wohnung watete. Diese und auch der Keller stand ebenso wie viele andere Häuser im Stadtgebiet unter Wasser. 

Da nur eine großräumige Sanierung dauerhaften und wirksamen Schutz vor diesen Unwetterereignissen versprach, galt es, einen übergebietlichen Wasserverband nach der Wasserverbandsordnung vom 03.09.1937 zu gründen. Dadurch konnten außerdem die anfallenden Kosten zu 95 % vom Bund, dem Land Hessen – und später der EWG – bezuschusst werden.

Gegen Ende der fünfziger Jahre begannen dann schwierige und zeitraubende Vorverhandlungen, in deren Verlauf Vorurteile abgebaut, aber auch Zugeständnisse gemacht werden mussten. So erklärten sich beispielsweise die meisten Gemeinden aus dem Altkreis Büdingen außerstande, die anfallenden Verbandsbeiträge aufzubringen. Um die Verbandsgründung nicht in Frage zu stellen, beschlossen Kreisausschuss und Kreistag, die Umlagen für die kreisangehörigen Verbandsgemeinden zu übernehmen. Nach Überwindung aller Hemmnisse konnte der Regierungspräsident Darmstadt als Gründungs- und Aufsichtsbehörde zur Gründungsversammlung einladen.

Am 24. Mai 1961 trafen sich Vertreter des Landes Hessen, der Landkreise Friedberg/H. und Büdingen sowie der Städte und Gemeinden Frankfurt/M., Kalbach, Harheim, Massenheim, Bad Vilbel, Gronau, Dortelweil, Kloppenheim, Rendel, Groß-Karben, Klein-Karben, Okarben, Burg-Gräfenrode, Nieder-Wöllstadt, Ilbenstadt, Assenheim, Bönstadt, Nieder-Florstadt, Ober-Florstadt, Staden, Leidhecken, Nieder-Mockstadt, Ober-Mockstadt, Dauernheim, Ranstadt, Wallernhausen, Geiß-Nidda, Nidda, Kohden, Unter-Schmitten, Ober-Schmitten, Eichelsdorf, Rainrod, Schotten, Götzen und Rudingshain zur Gründungsversammlung im Sitzungssaal der Kreisverwaltung in Friedberg/H. Regierungsvizepräsident Dr. Wetzel vom Regierungspräsidium Darmstadt leitete die Sitzung mit dem Wunsch ein, zukünftig eine erfolgreiche Arbeit zum Wohle der Bürger des Niddatales zu leisten.

Bereits am Nachmittag fand die erste Sitzung des neu gewählten Vorstandes statt, in deren Verlauf wichtige Beschlüsse für die Einleitung der künftig notwendigen Maßnahmen „Flussbau“ und „Talsperrenbau“ gefasst wurden.

Die hessische Wasserwirtschaftsverwaltung erarbeitete mit dem „Wasserwirtschaftlichen Rahmenplan Nidda“ eine Konzeption zur Verbesserung der Abflussverhältnisse im Niederschlagsgebiet der Nidda. Mit einer Kombination aus Flussausbau im Unterlauf der Nidda und der Errichtung von Talsperren im Oberlauf für die Rückhaltung von Hochwasserwellen aus dem Vogelsberg sollte der von der Öffentlichkeit und der Landwirtschaft geforderte Hochwasserschutz erreicht werden.

Die Mitgliederzahl des Verbandes hat sich durch die Gebietsreform der Jahre 1971/1972 insofern geändert, dass außer der Stadt Frankfurt/M. nur noch 8 Kommunen (Städte und Gemeinden) sowie die Landkreise Wetteraukreis und Vogelsbergkreis und das Land Hessen als Mitglieder verblieben.

Am 01.03.1978 wurde der Verband durch Einbeziehung des Flussgebietes Wetter erweitert und die Städte und Gemeinden Friedberg/H., Bad Nauheim, Rockenberg, Münzenberg, Butzbach und Lich sowie der Landkreis Gießen als neue Mitglieder aufgenommen.

Mit der Einweihung des neuen Hochwasserrückhaltebeckens Eichelsdof  in 2011 kam auch das Gewässer Eichelbach zum Verbandsgebiet. Hierdurch erhöhte sich der Verbandsbeitrag für die beiden Städte Schotten und Nidda, da beide Kommunen Anlieger des Eichelbaches sind.